农学院的前身是东北农学院牡丹江分院农学系，现已走过了50年的发展历程，为黑龙江省乃至全国输送近符合我国农业发展特点及与国际贸易接轨的省重点建设的科系和村村大学生计划重点实施单位。近三年农学院毕业生平均就业率为99.4%。目前在校生1010人（包括村村大学生210人）。
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通过引进与培养相结合、院市农业科技合作共建以及采取“一名教师一垧地、一个项目一班学生、一项技术示范一个村”等措施，已建成一支教学水平高、实践能力强、专兼结合的“双师”素质教师队伍。专任教师中教授7人，副教授11人，教育部农林牧渔教指委委员1人，省级教学名师1人，省农委系统专业带头人7人，省农委农业技术专家6人；兼职教师享受研究员级高级农艺师待遇4人，研究员6人，高级农艺师8人；“双师”素质教师达到85%以上。
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其中绿色食品生产与经营专业教学教学团队已建设成省级优秀教学团队；《植物学》和《作物栽培技术》2门课程被确立为省级精品课程；《植物生长环境》、《作物病虫害防治》、《食用菌栽培技术》等5门课程被确立为院级精品课程；获得省级教学成果奖11项；开发6门课程的多媒体课件；出版教材7部，编写6部校内实训指导教材；发表教改和学术论文60余篇；主持完成国家级、省级和市级应用科学研究课题12项，其中国家级火炬计划课题1项，省级火炬计划课题1项，其他立项课题10项；获得黑龙江省人民政府、牡丹江科技局、省农委科技成果奖励12项。
农学院现开设有作物生产技术、园艺生产技术、种子生产与经营、植物保护、食品加工技术、生物技术及应用、园林技术、水资源监测与保护等专业。其中作物生产技术和食品加工技术专业是学院重点建设专业，已构建具有行业特色的人才培养模式和基于工作过程和典型工作任务为导向的学习领域课程方案。其中作物生产技术专业构建同了与农业生产过程相适应的校内“双季循环”人才培养模式，食品加工技术专业构建了“2121”工学交替人才培养模式；通过对毕业生跟踪调查反馈，企业毕业生的满意率和基本满意率达到100%。毕业生以良好的思想素质和职业道德，吃苦耐劳、勇于奉献的精神，勤于钻研、不断进取、熟练的专业技能受到用人单位或企业的高度好评，并涌现出一大批优秀毕业生，成为农业生产一线、农业企业的骨干力量。
农学院拥有集教学、生产、科研、推广、培训为一体的绿色农业实训基地群占地200公顷，包括：作物（大豆、寒地水稻、玉米、小麦）生产示范基地、设施农业实训基地（中央财政支持职业教育实训基地）、黑龙江省食用菌科技示范园区（黑龙江省教育厅建设项目）、经济作物示范基地、种子种苗繁育基地、寒地果树示范基地、棚室蔬菜示范基地等，能够满足学生的实践教学需要。各专业拥有稳定的校外实训基地35处，具有完备的教学条件、完善的实习实训条件和经验丰富的实训指导教师，能够满足教学和生产实训的要求。
近年来农学院始终坚持以服务“三农”、助推新农村建设服务为己任，近三年通过院市共建、科技下乡、产品研发、农民大讲堂等多渠道累计培训农民近12000人，为我省农民素质提升、农业增产、农民增收和牡丹江地区连续五年夺得省内农民人均收入第一做出了贡献。
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